Die Gründung des Ordens geht auf das Jahr 1048 zurück. Kaufleute aus der alten Seerepublik Amalfi erhielten damals vom Kalifen von Ägypten die Genehmigung, in Jerusalem eine Kirche, ein Konvent und ein Hospital zu errichten, um Pilgern, ohne Unterschied des Glaubens und der Rasse, Schutz und Obdach gewähren zu können. Der Orden vom Hl. 
Nach dem Fall von Akkon im Jahr 1291 und dem Verlust des Heiligen Landes, verlegt der Hospitalorden vom Hl. Johannes seinen Sitz und das Hospital nach Limassol, auf der Insel Zypern, wo der Orden dank großer Besitzungen, Privilegien und Handelsrechten schon seit 1210 präsent war. 
Unter der Leitung des Großmeisters Fra’ Foulques de Villaret gehen die Ritter des Ordens vom Hl. Johannes 1307 auf Rhodos an Land. Nach vollständiger Einnahme der Insel 1310 errichten sie dort ihren Sitz.
Über einige Jahre gebietet der Orden über kein eigenes Territorium. Im Jahr 1530 nimmt der Großmeister Fra’ Philippe de Villiers de l’ Isle Adam die Insel Malta in Besitz, die Kaiser Karl V. mit Zustimmung von Papst Clemens VII. dem Orden überlässt. Dabei wird vereinbart, dass der Orden bei kriegerischen Auseinandersetzungen zwischen christlichen Nationen neutral bleibt.
Die Flotte des Ordens nimmt 1571 an der Seeschlacht von Lepanto teil und trägt damit zum Sieg der christlichen Flotte bei, der die Ausweitung des osmanischen Reichs nach Europa verhindert.
Zwei Jahrhunderte später, im Jahr 1798, besetzt Napoleon Bonaparte, auf dem Weg nach Ägypten, Malta wegen seiner strategischen Bedeutung. Die Ritter, durch die Ordensregel gebunden, die es ihnen untersagt, gegen Christen die Waffen zu erheben, sehen sich genötigt, die Insel zu verlassen. Der Vertrag von Amiens von 1802, mit dem die souveränen Rechte des Ordens über die Insel Malta ausdrücklich bestätigt wurden, kommt niemals zur Anwendung.
Nachdem sich der Orden vorübergehend nach Messina, Catania und Ferrara zurückgezogen hatte, lässt er sich im Jahr 1834 endgültig in Rom nieder, wo er unter dem Schutz der Exterritorialität den Magistralpalast und auf dem Aventin die Magistralvilla besitzt.
In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wird die ursprüngliche Mission, der Hospitaldienst, nun wieder zur Hauptaufgabe des Ordens. Sie hat im Laufe des vergangenen Jahrhunderts durch die Aktivitäten der Großpriorate und der Assoziationen in aller Welt eine beachtliche Ausweitung erfahren. Während des Ersten und Zweiten Weltkrieges werden die karitativen Aufgaben und der Hospitaldienst unter der Leitung des Großmeisters Fra’ Ludovico Chigi Albani della Rovere (1931-1951) intensiviert. 
960 Jahre Geschichte
Die Gründung des Ordens geht auf das Jahr 1048 zurück. Kaufleute aus der alten Seerepublik Amalfi erhielten damals vom Kalifen von Ägypten die Genehmigung, in Jerusalem eine Kirche, ein Konvent und ein Hospital zu errichten, um Pilgern, ohne Unterschied des Glaubens und der Rasse, Schutz und Obdach gewähren zu können. Der Orden vom Hl.
Johannes zu Jerusalem – die Klostergemeinschaft, die mit der Leitung des Hospitals betraut wurde – erlangt unter der Leitung des Seligen Bruder Gerhard die Unabhängigkeit. Mit der Bulle vom 15. Februar 1113 stellt Papst Paschalis II. das Hospital unter den Schutz der Kirche, mit dem Recht, sich seine Leitung frei zu wählen, unabhängig von religiösen oder sonstigen Laienautoritäten. Durch die Bulle erhält das Hospital den Status eines religiösen Laienordens. Die Ritter sind Religiose, verpflichtet durch die drei monastischen Gelübde der Armut, der Enthaltsamkeit und des Gehorsams.
Mit der Gründung des Königreiches von Jerusalem wächst dem Orden die Aufgabe des militärischen Schutzes der Kranken und Pilger sowie der eigenen medizinischen Versorgungszentren und wichtigsten Verkehrsverbindungen zu. Neben dem Hospitaldienst übernimmt der Orden die Aufgabe der Verteidigung des Glaubens. In der Folge nimmt der Orden das achtspitzige weiße Kreuz an, das bis auf den heutigen Tag sein Emblem geblieben ist.
